-
你好，歡迎來到上海華雅思創(chuàng)生物科技有限公司官網(wǎng)！
|
| 產(chǎn)地 | 美國 |
| 品牌 | clontech |
| 貨號 | R300723 |
| 用途 | 擴增 |
| 包裝規(guī)格 | 5ml |
| CAS編號 | |
| 純度 | % |
| 是否進口 | 是 |
| PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 |
| · 單細胞（或＜15 pg DNA）起始，可獲得可重復(fù)的結(jié)果 · *的等位基因再現(xiàn)性 · 易于使用和自動化 · 應(yīng)用廣泛，可以用于微陣列，PCR等 |
| PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 (PicoPLEX WGA v3)可以從單細胞擴增DNA，獲得高度可重復(fù)的文庫。細胞裂解和預(yù)擴增后，進行低背景的PCR擴增，并在3小時內(nèi)獲得微克級產(chǎn)物。 除了延續(xù)之前PicoPLEX WGA Kit可進行高度可重復(fù)的拷貝數(shù)變異（CNV）分析外，該試劑盒通過使用高保真酶，盡可能減少擴增誤差，并能檢測單核苷酸變異（SNV）。 |
 |
| 圖1. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3技術(shù) |
| 表1 .使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3進行高質(zhì)量單核苷酸變異（SNV）檢測 |
 |
| 以單細胞 (1cell) 和5個細胞 (5 cells) 的GM12878細胞系 (Coriell研究所) 起始 (一式兩份)，分別使用PicoPLEX WGA v3,A公司試劑盒和B公司試劑盒，以及bulk gDNA對照制備全基因組擴增產(chǎn)物，進行SNV檢測的比較。其中B公司試劑盒雖然制備了足夠的擴增產(chǎn)物，但只有5 cells樣本中一個包含足夠的擴增子進行測序，而其他樣本無可用數(shù)據(jù)進行測序。根據(jù)Genome In a Bottle (GIB) 和hg19 (human Genome assembly GRCh37, Ensembl) 數(shù)據(jù)庫的交叉分析，預(yù)計GM12879細胞系總共存在78個SNVs。由于擴增子的設(shè)計，2×75 bp的讀取長度很短，78個SNVs中的4個未能檢測到。因此，檢測的SNV總數(shù)減少到74個。使用VarDict軟件，以≥10reads (10X coverage) 和等位基因頻率≥20％為基準(zhǔn)從BAM文件分析SNV。與其他兩個公司試劑盒相比，PicoPLEX WGA v3具有更高的call rates和更低的等位基因丟失率。 |
| （數(shù)據(jù)來源于Takara Bio USA, Inc.） |
 |
| 圖2. 基于PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的CNV檢測 |
以來自不同細胞系(GM22601、GM05067和GM12878)的單細胞起始，使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3擴增基因組。之后取1ng的擴增產(chǎn)物，使用Illumina Nextera XT Kit制備文庫，并在Illumina MiSeq（PE 75）進行測序。對Fastq文件去除接頭序列信息后，與human genome assembly GRCh37進行比對。只分析常染色體。對于這兩個panels，校準(zhǔn)歸一化至100萬reads，使用bedtools 2.25.0計算每1 Mb的 bin的reads數(shù)。使用Integrative Genomics Viewer (IGV)繪制bin counts的log2 ratio (Sample/Reference)。PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3還顯示了可以高品質(zhì)的進行染色體異倍性分析。 |
 |
| 圖3. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的全基因組覆蓋范圍的重現(xiàn)性高 |
| 以GM12878的單細胞樣本起始（一式兩份），分別使用PicoPLEX WGA v3，A公司試劑盒和B公司試劑盒擴增基因組。之后取1ng的擴增產(chǎn)物，使用Illumina Nextera XT Kit制備文庫，并在MiSeq（PE 75）進行測序。然后與human genome assembly GRCh37進行比對，歸一化至1M reads (0.5M paired-end reads)后，使用bedtools 2.25.0計算每個1 Mb的bin的reads數(shù)。對這兩個單細胞文庫的每個窗口的total read進行繪制，計算Pearson和Spearman相關(guān)性并在每個圖中標(biāo)明。 |
| Panel A. 包含異常值的樣本。*由于不同技術(shù)存在不同的偏差，沒有排除相關(guān)點，所以圖表的比例不同。 Panel B. 排除異常值的樣本。與A公司和B公司試劑盒相比，PicoPLEX WGA v3具有更高的重現(xiàn)性和覆蓋度。 |
產(chǎn)品推薦：
品牌 貨號 產(chǎn)品名稱 產(chǎn)品規(guī)格
TAKARA R300381 PicoPLEX DNA-seq Kit 48 Rxns
TAKARA R300670 SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-seq Kit 96 Rxns
TAKARA R300672 SMARTer® PicoPLEX® Single Cell WGA Kit 96 Rxns
TAKARA R300722 PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 96 Rxns
TAKARA R400407 ThruPLEX DNA-seq 96D Kit 96 Rxns
TAKARA R400492 ThruPLEX Plasma-seq 96D Kit 96 Rxns
TAKARA R400586 ThruPLEX Tag-seq 96D Kit 96 Rxns
華雅干細胞致力于為中國干細胞領(lǐng)域的干細胞科學(xué)研究、臍帶血/造血干細胞/臍帶/脂肪/胎盤干細胞庫、干細胞臨床轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)、干細胞美容及干細胞抗衰老、免疫細胞治療、T細胞治療、臨床干細胞治療等再生醫(yī)學(xué)和個體化治療產(chǎn)業(yè)鏈的相關(guān)客戶提供：MSC間充質(zhì)干細胞培養(yǎng)基、iPS/ES胚胎干細胞培養(yǎng)基、血清替代物、羊水培養(yǎng)基、基底膜基質(zhì)膠細胞支架、干細胞生長分化調(diào)控因子、BioMarker 流式檢測抗體、支原體檢測試劑盒、內(nèi)毒素檢測試劑盒、干細胞存儲細胞凍存袋、細胞培養(yǎng)瓶、USP級DMSO二甲基亞砜細胞凍存液、細胞培養(yǎng)相關(guān)試劑耗材儀器等種類豐富的產(chǎn)品，以“Focus on improving the quality of Stem Cells專注干細胞研究，提升干細胞品質(zhì)”為己任，我們與客戶攜手為中國干細胞產(chǎn)業(yè)的發(fā)展而前行。
takara授權(quán)代理商：重慶市華雅干細胞技術(shù)有限公司
歡迎您的致電 400 021 2200 150 2101 0459
了解更多產(chǎn)品，請關(guān)注我們公眾號： 華雅思創(chuàng)生物
